他沒想到的是，四年級(jí)劃分時(shí)，清華營(yíng)建系已改為純工科的建筑系，沒有了建筑史。他被分到工業(yè)建筑，畢業(yè)后分配到中國(guó)科學(xué)院土木建筑研究所。幸而1956年9月中科院與清華建筑系合辦建筑歷史與理論研究室，梁思成任主任，傅熹年被所在單位派到這個(gè)研究室工作，得以回到母校清華。他以為終于實(shí)現(xiàn)了研究中國(guó)建筑史的夙愿，但命運(yùn)再一次捉弄了他。
反右運(yùn)動(dòng)中，因一些私下閑談被人揭發(fā)，他被劃成右派，1959年春下放建筑工程部的北京南口農(nóng)場(chǎng)勞動(dòng)。
說起這次下放，他只淡淡地說工作是“放牛、養(yǎng)豬、種老玉米”。他覺得自己很厲害的是給母豬接生，十個(gè)八個(gè)呼嚕一下子就生出來了，“挺好玩的”。下放的近兩年里，他抽空反復(fù)通讀了帶去的《資治通鑒》和宋《營(yíng)造法式》。
1960年10月，他摘掉了右派帽子，返回單位。反右后，建筑歷史與理論研究室已被清華撤銷，經(jīng)梁思成聯(lián)系，傅熹年等非清華人員調(diào)到了建筑工程部所屬的建筑科學(xué)研究院建筑歷史室。工作室的主任是梁思成，副主任是劉敦楨、汪季琦。傅熹年被編入民居研究組，參加了王其明負(fù)責(zé)的浙江民居調(diào)查。

封建王朝對(duì)住宅有嚴(yán)格的等級(jí)規(guī)定，傅熹年將這些規(guī)定與《清明上河圖》《千里江山圖》中所畫的建筑加以比較，發(fā)現(xiàn)大都是吻合的。那些簡(jiǎn)單的小房子和孤立的工字形屋子可能是農(nóng)民的住宅，面闊三件、歇山屋頂?shù)目赡苁枪倭抛≌?，沒有三間大門和歇山屋頂?shù)拇笳觿t可能是沒有官職的大地主豪商的住宅或別墅。
傅熹年將這些研究成果用于建筑史中，得到劉敦楨的贊許，他順便撰寫的《王希孟<千里江山圖>中的北宋建筑》等論文也陸續(xù)發(fā)表。
傅熹年作品：元大都大內(nèi)宮殿延春閣復(fù)原圖。
“精神會(huì)餐”
每次一有運(yùn)動(dòng)，跟“封資修黑貨”打交道的建筑歷史室都是首當(dāng)其沖，右派傅熹年更是在劫難逃。
“文革”開始后，傅家被抄，全家人掃地出門，擠住在大覺胡同一個(gè)大雜院中。傅熹年在建筑科學(xué)院做了三年水暖維修工，平日逐戶維修，冬天燒采暖鍋爐。院里的人想要暖和一些，他就把火燒得旺旺的。

1972年夏，國(guó)家文物局籌備出國(guó)文物展覽，將傅熹年借調(diào)回京，又給了他一次重拾舊業(yè)的機(jī)會(huì)。他畫了很多供出國(guó)展覽的圖，包括根據(jù)唐長(zhǎng)安大明宮含元殿等遺址實(shí)測(cè)圖繪制復(fù)原圖和彩色渲染圖。
這期間，他有了重新接觸古籍的機(jī)會(huì)，得以查了二十四史中的《舊唐書》和《新唐書》。啟功的圖書也已啟封，查了《資治通鑒》。他們都發(fā)現(xiàn)了寫經(jīng)發(fā)愿人為武則天的確切證據(jù)，英雄所見略同，彼此撫掌稱快，認(rèn)為總算解決了一樁小公案。
但如果要寫成文章，當(dāng)時(shí)卻頗有些“違礙”之處。因?yàn)檫@段歷史的背后，涉及武則天迫害同父異母哥哥致死、毒死外甥女等狠毒之事，以及她表面上孝心通天實(shí)際上卻公然污蔑自己的母親與外孫亂倫。這在當(dāng)時(shí)大捧“女皇”的情況下，實(shí)無異于自尋煩惱。
直到后，編《中國(guó)法書全集》，啟功和傅熹年都覺得應(yīng)該收入武則天的這篇發(fā)愿文殘段，傅熹年才寫出了這篇考證文章。因?yàn)闊o論如何，其中的書法之美，都不能不令人贊嘆。至今，這段發(fā)愿文殘片的照片還壓在他書桌的玻璃下。